linux调用r语言命令,linux中R

如何在linux环境下使用r语言

1、下载

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wget

2、解压：

tar -zxvf

R-3.0.1.tar.gz

cd R-3.0.1

3、安装 (当然也可以跳过)

yum

install readline-devel

yum install libXt-devel

./configure

4、 配置环境并编译安装

#

如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib

(这个我不需要，所以加入到后面)

# 如果3没安装, 那么后面加上： --with-readline=no

--with-x=no

./configure --prefix=/usr/R-3.0.1

make $$ make install

5、配置环境变量并生效

vi

.bash_profile

export R_HOME=/usr/R-3.0.1

export PATH=.:$R_HOME/bin:$PATH

# 试环境变量生效

source .bash_profile

6、 命令行测试

[admin@JD

software]$ R

WARNING: ignoring environment value of R_HOME

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"

Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing

Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件，不带任何担保。

在某些条件下你可以将其自由散布。

用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.

用'contributors()'来看合作者的详细情况

用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。

用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或

用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。

用'q()'退出R.

q()

7、创建脚本测试(t.R)

cd

/opt/script/R

vim t.R

#!/path/to/Rscript

#第一行

x-c(1,2,3)

#R语言代码

y-c(102,299,301)

model-lm(y~x)

summary(model)

8、测试：执行脚本

R CMD BATCH

--args /opt/script/R/t.R

more

/opt/script/R/t.Rout

#查看执行的结果

或者第二种方式

Rscript

/opt/script/R/test.R

#结果直接输出到终端

linux R语言运行脚本，提示载入程辑包，运行不成功

“载入需要的程辑包：”这种提示没什么大不了的，实在觉得烦就在脚本里导致出现这些东西的命令外面套一层suppressMessages()函数，比如suppressMessages(library(foreach))。

关键是后面提示的错误要解决。

linux服务器安装R语言及Rstudio server

在linux服务器上使用R语言及Rstudio server

cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本

wget

checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no

configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

6.安装

make

make install

安装成功！

R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。

q() ##退出R编辑

7.安装R-studio-server

wget

yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

8.R-studio-server的一些命令

rstudio-server start ##启动 rstudio

rstudio-server stop ## 关闭rstudio

rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态

运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动

rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误

rstudio-server restart ##重启

ifconfig ##查看服务器ip地址。

查看运行中R进程

rstudio-server active-sessions

指定PID，停止运行中的R进程

rstudio-server suspend-session pid

停止所有运行中的R进程

rstudio-server suspend-all

强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行

rstudio-server force-suspend-session pid

rstudio-server force-suspend-all

RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示

rstudio-server offline

RStudio Server临时上线

rstudio-server online

8.rstudio-server系统设置

主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改）

/etc/rstudio/rserver.conf

/etc/rstudio/rsession.conf

vi /etc/rstudio/rserver.conf

www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改

www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0

rstudio-server restart

vi /etc/rstudio/rsession.conf

session-timeout-minutes=30#会话超时时间

r-cran-repos= #CRAN资源库

rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。

9.通过浏览器连接Rstudio-server

直接打开浏览器，输入;服务器ip:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。

这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项：

（1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录

（2）.用户的认证可以使用RSA。

如果没有普通用户，可以添加：

useradd newname # 添加一个名为newname的用户

passwd newname ###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。

usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中，

在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。

10可能存在的问题

10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来

rstudio-server verify-installation

There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that

it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not

configure with --enable-R-shlib.

这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib.

这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1".

使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。

10.2 普通用户无法启动rstudio-server

sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令

这时会需要输入密码并提示

xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.

如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。

su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。

chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限

vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。

找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)

youuser ALL=(ALL) ALL

%youuser ALL=(ALL) ALL

youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL

%youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL

chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限