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R语言ggplot2怎样画带有空白格的热图

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R语言ggplot2怎样画带有空白格的热图  
image.png

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现,下面的B图是折线图加柱形图,相对比较容易实现,上面的A图稍微有点复杂,我想到的办法是拼图,图A可以看成三个热图,然后加一个堆积柱形图,最后将四个图组合到一起。那就按照这个思路试一下看能不能实现。

 

首先画热图

这个热图和常规的还稍微有点不太一样,可以简单的理解为带有缺失值的热图,缺失值是空白格,其他值分别填充颜色。

那我们就按照这个思路来构造数据

R语言ggplot2怎样画带有空白格的热图  
image.png

将数据集按照以上格式整理好,存储在csv文件中。

 首先是读入数据
df<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap.csv",header=T)
   以上数据是宽格式,借助reshape2这个包中的melt函数将宽格式转变为长格式
df1<-reshape2::melt(df)
   ggplot2画热图
library(ggplot2)
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value),color="black")+
  theme(panel.background = element_blank())
 
R语言ggplot2怎样画带有空白格的热图  
image.png
 这个地方遇到一个问题是缺失值如何给他填充为白色,我想到的办法是给缺失值赋值为0,然后将0,1,2,3离散化处理,然后分别分配颜色
df1$value1<-ifelse(is.na(df1$value),0,df1$value)
df1$value1<-as.factor(df1$value1)
summary(df1)
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+
  theme(panel.background = element_blank())
 
R语言ggplot2怎样画带有空白格的热图  
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这样是不是和文章开头提到的图有点像了。

 

接下来是美化

 调整一下y轴的的顺序
df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A))
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+
  theme(panel.background = element_blank())
 
R语言ggplot2怎样画带有空白格的热图  
image.png
 将X轴放到顶部
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","orangered","red2","red4"))+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.text.x.top = element_text(angle = 90,
                                       hjust = 0,
                                       vjust= 0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        legend.position = "none")+
  labs(title = "Plant growth and development")
 
R语言ggplot2怎样画带有空白格的热图  
image.png
 标题的下滑线如何用代码添加我暂时还不知道,直接出图后手动编辑吧。上面的图还忘记添加文字标签了,下面补上
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","orangered","red2","red4"))+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.text.x.top = element_text(angle = 90,
                                       hjust = 0,
                                       vjust= 0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        legend.position = "none")+
  labs(title = "Plant growth and development")+
  geom_text(aes(label=value1,color=value1))+
  scale_color_manual(values = c("white","black","black","black"))
 
R语言ggplot2怎样画带有空白格的热图  

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